工程施工总承包是多环节多方面组成的管理活动，其中质量进度设备材料不可预见费用的管理控制等均与成本控制密切相关。可见，成本控制管理贯穿于工程项目施工的始终，是项目管理和控制的重要内容，为业主总承包公司及分包商各方所关注。为了有效地控制工程施工成本，应建立以产品为中心的成本核算制度，坚持企业是利润中心，项目是成本中心的原工程管理组织结构合理设置组织管理机构，明确组织形式职责管理职权并制定严格的管理制度，以制度规范管理，使各部门各司其职相互协调，共同完成工程投资控制的任务。
同时，应制定切合实际的经济责任制，实行责权利相结合，在不影响建设规模工程质量工期的前提下，贯彻物质利益原则，奖节罚超，形成节约工程物资的内在利益驱动机制，为完成工程投资控制的任务提供内在动力。加强成本控制为了确保实现合理利润，应强化项目施工的费用估算和成本控制。
具体地讲，应完善工程施工费用估算体系，在施工图设计完成后及时编制施工图预算，作为工程结算的凭据，编制详细的费用控制计划用款计划并加强风险分析，通过合理安排，减少各项可能节约的支出，严格控制各项预算外的费用，采取预防措施，避免意外损失，实现成本控制目标。严格履行合同以合同为依据，严格履行合同条款，要求各参建单位充分认识合同的严肃性，明确合同涉及的工作内容责任，严格按程序办事，加强管理，节约材料，控制直接费，避免质量事故，以降低成本。健全预结算制度和财务管理制度各分项目部需要成立专职预结算小组，保证相关人员到位，认真及时地按照有关的要求，实事求是有依有据地报送资料。
总承包项目经理部应设置专职预结算人员，依据合同的有关条款及相应的管理规定，对各分项目部的工程预结算进行认真审核，严格按程序办事，达到控制投资的目的。工程实践证明，严格执行制度可以避免较大的失误。通过建立健全预结算及财务管理制度，对工程款的拨付，固定资产购置费用的开支标准范围审批权限经办的手续等在制度上予以明确规定，做到有章可循。同时，领导要带头严格执行，并对坚持制度的人和事予以支持，从强化预结算及财务管理基础工作着手，创新工作方法，发挥财务资金的关口作用，提高工程总承包的成本控制水平。